在明朝初期,朱元璋所建立的海防设施是极其完善的,他在通过外交手段与邻国建立良好外交关系的同时,又设立了防倭卫所来维护沿海地区的安定,洪武前期只有莱州、登洲、宁海三座卫所 ,之后又相继修建了多座卫所。
洪武十七年,与日本断交后,明朝又加强了军事防御, 除了住建防御设施以外,还加征了士兵专门负责防卫倭寇,明军还发现了倭寇"候顺风而进"的规律,按照这个规律,明军可以时刻调整海防系统。可以说当时的海外防御系统固若金汤,在这种积极主动的海防措施下,明朝前期的倭寇势力并没有得到壮大。
到了明朝中叶,随着土地兼并运动的发展,卫所的屯田也遭到了侵占,卫所的士兵也被豪强贵族强势占为家奴,士兵们不堪虐待,纷纷逃离卫所。据统计在明英宗正统三年逃亡的士兵达到了120多万,到了嘉靖时期,各卫所的平均士兵数由过去的5000人减少到1700多人。
并且这1700多人中大多都是老弱病残之辈,毫无战斗力,面对倭寇的袭击只能坐以待毙。士兵减少的同时卫所的配置也越来越差,军队的军粮时常拖欠,战舰由于缺少保养修理,数量也在不断减少。在这种缺员严重,士兵战斗力极差,军械配置低的情况下,倭寇势力越发猖獗。
到了明朝后期,除了东南沿海地区以外,北方边境也不太平,残存的元朝势力常常南下扰乱北部边境地区,